Josephus Flavius (Altertümer, XVIII, 5, 2) schreibt über Johannes, daß dieser „ein edler Mann war, der die Juden anhielt, nach Vollkommenheit zu streben, indem er sie ermahnte, Gerechtigkeit gegeneinander und Frömmigkeit gegen Gott zu üben und so zur Taufe zu kommen. Dann werde, verkündete er, die Taufe Gott angenehm sein, weil sie dieselbe nur zur Heiligung des Leibes, nicht aber zur Sühne für ihre Sünden anwendeten; die Seele nämlich sei dann ja schon vorher durch ein gerechtes Leben entsündigt. Da nun infolge der wunderbaren Anziehungskraft solcher Reden eine gewaltige Menschenmenge zu Johannes strömte, fürchtete Herodes, das Ansehen des Mannes, dessen Rat allgemein befolgt zu werden schien, möchte das Volk zum Aufruhr treiben, und hielt es daher für besser, ihn rechtzeitig aus dem Wege zu räumen, als beim Eintritt einer Wendung der Dinge in Gefahr zu geraten und dann, wenn es zu spät sei, Reue empfinden zu müssen. Auf diesen Verdacht hin ließ also Herodes den Johannes in Ketten legen, nach der Festung Machärus bringen ... und dort hinrichten. Sein Tod war, nach der Überzeugung der Juden, die Ursache, weshalb des Herodes Heer im Kampfe gegen Aretas aufgerieben worden war, da Gott in seinem Zorn diese Strafe über den Tetrarchen verhängt habe.“
Aus den Evangelien aber geht hervor, daß Herodes die Einkerkerung und Enthauptung des heiligen Johannes um der Herodias willen verfügt hatte. Der Evangelist Matthäus schildert die Gefangennahme und Enthauptung des Täufers (Mt. 14-12):
„Herodes hatte nämlich den Johannes ergreifen, binden und ins Gefängnis werfen lassen wegen der Herodias, des Weibes seines Bruders Philippus, denn Johannes hatte ihm gesagt: Es ist dir nicht erlaubt, sie zur Frau zu haben. Er hätte ihn gern töten lassen, aber er fürchtete das Volk, weil es ihn für einen Propheten hielt. Am Geburtstag des Herodes tanzte die Tochter der Herodias inmitten des Saales und gefiel dem Herodes. Deshalb versprach er mit einem Eide, ihr alles zu geben, was sie von ihm verlangen würde. Angestiftet von ihrer Mutter sprach sie: Gib mir hier auf einer Schüssel das Haupt des Johannes des Täufers. Da wurde der König bestürzt, allein wegen des Eides und wegen der Tischgenossen befahl er es zu geben, sandte hin und ließ den Johannes im Gefängnis enthaupten. Man brachte das Haupt auf einer Schüssel und gab es dem Mädchen, und sie brachte es ihrer Mutter. Da holten seine Jünger den Leichnam und begruben ihn. Dann gingen sie hin und berichteten es Jesus.“
Der Evangelist Markus berichtet über die gleiche Begebenheit (Mk. 17—29, 6): „Herodes hatte nämlich Leute ausgesandt und Johannes verhaften, fesseln und im Gefängnis halten lassen wegen der Herodias, des Weibes seines Bruders Philippus, weil er sie zum Weib genommen hatte. Denn Johannes hatte zu Herodes gesagt: Es ist dir nicht erlaubt, deines Bruders Weib zu haben. Darum war ihm Herodias aufsässig und hätte ihn gern umbringen lassen; aber sie konnte es nicht, denn Herodes fürchtete den Johannes, weil er wußte, daß er ein gerechter und heiliger Mann sei. Er nahm ihn in Schutz, und wenn er ihn hörte, wurde er sehr verlegen, aber er hörte ihn gern. Da kam ein gelegener Tag, das Geburtsfest des Herodes, an welchem dieser seinen Fürsten, den Hauptleuten und Vornehmsten von Galiläa, ein Gastmahl gab. Da trat die Tochter der Herodias herein und tanzte. Sie gefiel dem Herodes und seinen Gästen. Und der König sprach zu dem Mädchen: Begehre von mir, was du willst, ich will es dir geben, und wäre es auch die Hälfte meines Reiches. Sie ging hinaus und fragte die
Mutter: Was soll ich begehren? Diese antwortete: Das Haupt des Johannes des Täufers. Sogleich ging sie in Eile zum König und bat: Ich will, daß du mir sofort auf einer Schüssel das Haupt Johannes des Täufers gebest. Da wurde der König tiefbetrübt. Allein wegen des Eides und wegen der Tischgenossen wollte er sie nicht abweisen. Er schickte sogleich einen Scharfrichter mit dem Befehl, sein Haupt (auf einer Schüssel) zu bringen. Dieser enthauptete ihn im Gefängnis und brachte sein Haupt auf einer Schüssel und gab es dem Mädchen, und das Mädchen gab es seiner Mutter. Die Jünger hörten dies, kamen und holten seinen Leichnam und setzten ihn in einem Grabe bei.“
Der Evangelist Lukas sagt zur Einkerkerung des heiligen Johannes (Lk. 3, 19-20): „Der Vierfürst (Tetrarch) Herodes aber, der von ihm wegen der Herodias, der Frau seines Bruders, und wegen allerlei anderer Schandtaten zurechtgewiesen wurde, beging zu alldem hinzu die weitere Untat, den Johannes in den Kerker werfen zu lassen.“ Aus Lukas 9, 9, geht hervor, daß Herodes den heiligen Johannes enthaupten ließ. Aus dem Johannes-Evangelium (Jo. 3, 24) geht die Einkerkerung des Täufers ebenfalls hervor. Es ist nicht überliefert, ob die Jünger des heiligen Johannes, die seinen Körper ausgeliefert erhielten, auch gleichzeitig den abgeschlagenen Kopf miterhielten.
